На территории посёлка Ханымей осуществляет свою деятельность территориальное структурное подразделение Администрации Пуровского района - Администрация посёлка Ханымей, наделенное правами юридического лица.
В декабре 2021 года исполняющим обязанности Главы Администрации посёлка Ханымей назначен Кузьмин Андрей Евгеньевич.
Возникновение Ханымея связано с открытием Вынгаяхинского нефтегазового месторождения, начальником экспедиции на тот момент был Березовский В.К.
Решением облисполкома от 30 мая 1978 года № 228 зарегистрирован посёлок Ханымей.
23 июля 1978 года прошли первые выборы в Ханымейский сельский совет, назначен первый председатель сельсовета Бутылкин Валентин Николаевич.
Согласно решению собрания представителей Пуровской районной Думы от 6 сентября 2004 года №173 «О праздновании дней городов, посёлков и сел Пуровского района» установлена дата празднования Дня посёлка Ханымей – первое воскресенье сентября.
Муниципальное образование посёлок Ханымей образовано в составе территории Пуровского района и наделено статусом сельского поселения в соответствии с Законом автономного округа от 20 декабря 2004 года № 113-ЗАО «О наделении статусом, определении административного центра и установлении границ муниципальных образований Пуровского района».
В 2020 году муниципальные образования город Тарко-Сале, посёлок Уренгой, Пуровское, посёлок Пурпе, село Самбург, село Халясавэй, посёлок Ханымей, деревня Харампур преобразованы путем их объединения во вновь образованное муниципальное образование с наименованием муниципальный округ Пуровский район Ямало-Ненецкого автономного округа (Закон ЯНАО от 23.04.2020 N 40-ЗАО «О преобразовании муниципальных образований, входящих в состав муниципального образования Пуровский район, и создании вновь образованного муниципального образования муниципальный округ Пуровский район Ямало-Ненецкого автономного округа»).