На территории посёлка Заполярный осуществляет свою деятельность территориальное структурное подразделение Администрации Надымского района - Администрация посёлка Заполярный, наделенное правами юридического лица.
В октябре 2020 года Главой Администрации посёлка Заполярный назначена Затуливетрова Екатерина Ивановна.
Официальным и фактическим днём образования управления считается 17 декабря 1985 года, когда приказом Министерства газовой промышленности в 1985 году было организовано Ныдинское ЛПУ в составе ПО «Тюментрансгаз» на правах производственной единицы.
03 июня 1998 года на территории жилого посёлка Ныдинского ЛПУ был образован рабочий посёлок Заполярный.
Муниципальное образование посёлок Заполярный образовано в составе территории муниципального образования Надымский район и наделено статусом городского поселения в соответствии с Законом автономного округа от 20 декабря 2004 года № 111-ЗАО «О наделении статусом, определении административного центра и установлении границ муниципальных образований Надымского района».
В 2020 году муниципальные образования город Надым, посёлок Заполярный, посёлок Пангоды, посёлок Лонгъюган, село Ныда, посёлок Правохеттинский, посёлок Приозерный, посёлок Ягельный и Кутопьюганское преобразованы путем их объединения во вновь образованное муниципальное образование с наименованием муниципальный округ Надымский район Ямало-Ненецкого автономного округа (Закон ЯНАО от 23 апреля 2020 года № 38-ЗАО «О преобразовании муниципальных образований, входящих в состав муниципального образования Надымский район, и создании вновь образованного муниципального образования муниципальный округ Надымский район Ямало-Ненецкого автономного округа»).